Dentro de estos trastornos distinguimos los gonadales que afectan a los órganos reproductivos de los fenotípicos que afectan a las condiciones físicas y bioquímicas del animal.
Entre los signos gonadales más típicos encontramos un clítoris inusualmente grande, en el caso de la hembra, o un testículo no descendido, en el caso del macho.
Los signos y síntomas de los trastornos del desarrollo sexual fenotípico pueden incluir órganos reproductivos externos que no coinciden con los cromosomas internos. Un gato que lleva cromosomas masculinos, por ejemplo, puede parecer que tiene genitales externos femeninos, o un pene más pequeño de lo normal. Algunos animales pueden poseer un órgano reproductor normal, pero también tienen un segundo órgano reproductor adicional, a veces funcional, muy pequeño del género opuesto.