Hay una gran variedad de anormalidades que pueden afectar el ojo de un perro o los tejidos circundantes. 

• Colobomas o falta de tejido del iris; Iris deformado, sensibilidad a la luz brillante, normalmente no afecta la visión, más común en perros de pastoreo (es decir, basenji, collie, perro pastor australiano). 
• Colobomas o falta de tejidos de la úvea; quistes tipo tumor en los párpados, conjuntiva o córnea, abultamiento del iris, glaucoma congénito (presión alta dentro del ojo) con aumento anormal del globo ocular, desgarro, ojo agrandado, rojo y doloroso, cataratas congénitas, nubosidad en los ojos, a menudo heredado (por ejemplo, cavalier king charles spaniels)
• Queratoconjuntivitis seca congénita; También se lo conoce como ojo seco, común en yorkshire terriers, otros problemas congénitos
• Displasia de retina; Aparece como formas de pliegues o rosetas en la retina, común en briards.
• Desprendimiento de retina cuando la retina se desprende de la parte posterior del ojo causando ceguera, común en labrador retrievers, bedlingtons y sealyham terriers
• Displasia fotorreceptora. Subdesarrollo del nervio óptico común en caniches miniatura, malformación de cono de vara, malformación de varilla y cono común en setters y collies irlandeses, malformación de varilla común en elkhounds noruego, malformación del cono en malamutes de alaska.

Otros problemas congénitos son la falta de pupilas o pupilas anormalmente formadas, ausencia de aberturas en los conductos lacrimales (cocker spaniel), falta de iris, tópica hiperplásica persistente vasculosa lentis (phtvl) y vítreo primario hiperplásico persistente (phpv).

Los factores de riesgo de anomalías oculares congénitas son básicamente genéticas, malformaciones espontáneas, infecciones e inflamaciones sistémicas durante el embarazo, toxicidad durante el embarazo y deficiencias nutricionales durante el embarazo.

Deberá proporcionar el historial médico e incluir las condiciones de su mascota en el útero de la madre, su desarrollo y el entorno del perro después de su nacimiento. 

A partir de estos datos, el veterinario examinará cuidadosamente el ojo mediante una prueba de lágrimas de Shirmer para asegurarse que esté produciendo una cantidad adecuada de lágrimas. Si se sospecha de glaucoma, se diagnosticará con el tonómetro para medir la presión interna. Las anomalías dentro del ojo se inspeccionarán con un oftalmoscopio indirecto y/o un biomicroscopio con lámpara de hendidura. 

Finalmente, una ecografía podrá revelar problemas con el cristalino, el humor vítreo, la retina, quistes en el iris u otras afecciones causadas en la parte posterior del ojo. Y la angiografía también se puede emplear para ver desprendimiento de retina y vasos sanguíneos anormales en el ojo. 

El tratamiento dependerá del tipo de anomalía ocular. La cirugía puede reparar algunos defectos congénitos y también se pueden emplear medicamentos para minimizar los efectos. El ojo seco, mejor conocido como queratoconjuntivitis seca congénita, puede tratarse con lágrimas artificiales en combinación de antibióticos. Aún no existe tratamiento médico que retrase o impida la displasia de fotorreceptores, pero los perros que la padecen por lo general no sufren de otra anomalía física y pueden aprender a manejar su entorno.