Los síntomas que se desarrollan en el paciente dependen en gran medida de la causa subyacente que lleva a la pancitopenia. Algunos síntomas de la leucopenia (bajo recuento de glóbulos blancos) incluyen episodios repetidos de fiebre e infecciones frecuentes o persistentes. Algunos síntomas de la anemia debida al bajo recuento de glóbulos rojos son la lentitud y la palidez de las encías.
El bajo recuento de plaquetas debido a la trombocitopenia puede provocar pequeños hematomas en el cuerpo, conocidos como hemorragia petequial, o sangrado de los tejidos húmedos del cuerpo, conocido como sangrado de la mucosa.
Otros síntomas generales pueden incluir letargo, hemorragias (sangrado nasal o en la orina) y fiebre.