El tratamiento se adecuará a la causa que haya provocado la diarrea. Si existen problemas de deshidratación, se le suministrará al perro una terapia de fluidos.
La dieta se cambiará si se detectan intolerancias o alergias. Para un correcto diagnóstico lo más apropiado sería una dieta de eliminación. Se cambiaría la dieta por una con pocos ingredientes y se irían añadiendo los ingredientes de uno en uno para ver cuál es el que provoca la alergia. Cada vez que se añade un ingrediente hay que esperar unos 10 días para ver si provoca reacción. Si no provoca reacción, a los 10 días se añade otro ingrediente. Y si provoca reacción ya sabemos que el ingrediente es alérgeno y tendremos que esperar un tiempo para que desaparezcan los problemas. Una vez han desaparecido los problemas se añadirá un nuevo ingrediente para saber si en la dieta hay más de un ingrediente que provoca la alergia. Aunque no se detecte ninguna alergia, también podría ser recomendable modificar la dieta por una baja en grasas y altamente digestiva en caso de diarreas frecuentes.
Si se trata de una enfermedad, el veterinario recetará la medicación más apropiada. Ahora bien, si el perro tiene un objeto extraño en los intestinos o un tumor, la cirugía normalmente será imprescindible.
Una vez establecido el tratamiento hay que comprobar si el perro responde y volver al veterinario inmediatamente si vemos que no mejora.
Durante el tratamiento, es necesario tener en cuenta que los parásitos que producen diarrea también pueden afectar a las personas y conviene ir con cuidado.