El veterinario en primer lugar recetará corticoesteroides para reducir inflamación del cerebro del perro y anticonvulsivos si el perro presentara convulsiones.
En paralelo también tratará la causa que ha provocado la encefalitis. Utilizará antimicóticos si ha sido causada por hongos o antibioticos si la causa es bacteriana. Si está causado por gusanos u otros parásitos existen fármacos para luchar contra las infestaciones. El veterinario, en función de la gravedad y el tipo de parásito decidirá cuál es el mejor tratamiento.
En algunos casos, a pesar de eliminar los parásitos, será necesaria la cirugía porque habrá que retirar los quistes que puedan quedar en el cerebro.
Aunque se recupere, el perro puede seguir con secuelas neurológicas: básicamente convulsiones y descoordinación. Estas secuelas no suelen ser reversibles.