La hospitalización inmediata es requerida para casos de envenenamiento por micotoxinas. Aunque los primeros síntomas sean gastrointestinales, pueden complicarse en pocas horas. La provocación de vómitos, los lavados de estómago o la administración de carbón activado son los tratamientos más habituales para expulsar o absorber las toxinas. Las 48 horas posteriores a la intoxicación son cruciales y el animal tendrá que estar siempre vigilado. En caso de insuficiencias hepáticas, convulsiones o alteraciones en frecuencia cardíaca o respiratoria, lo primero será recuperar las constantes vitales.
El pronóstico general es bueno cuando se trata la micotoxicosis a tiempo. La mayoría se recuperan en el transcurso de 24 a 48 horas después del tratamiento. Sin embargo, en algunos animales el tiempo de recuperación puede prolongarse semanas.