Dependiendo de la causa de la infección anaeróbica, los perros pueden mostrar una variedad de síntomas. Los perros que han desarrollado una infección bacteriana anaeróbica debido a una herida, por ejemplo, pueden mostrar marcas de mordiscos, supuración de pus por la herida o fracturas abiertas (donde sobresale el hueso). Además, las heridas infectadas con bacterias anaeróbicas tardarán en sanar.
Los síntomas más usuales son: fiebre, cojera, dificultad para comer y pérdida de apetito (relacionada con la infección de las encías).