El objetivo principal de la terapia será tratar la causa subyacente. Su veterinario le suministrará alimentos líquidos y altamente calóricos. En caso de un cuerpo extraño en el esófago, se realizará una cirugía de inmediato para prevenir complicaciones adicionales.
Si el perro no puede tomar alimentos, el veterinario le pondrá una sonda de alimentación directamente al estómago. En caso de que el perro pueda ingerir alimentos, entonces necesitará atenciones especiales para prevenir la neumonía por aspiración. Para ello tendrá que mantener al can en posición vertical durante 10 a 15 minutos después de comer o beber, colocando los recipientes elevados del suelo. La mayoría de los perros con megaesófago requieren de terapia de por vida.
Desafortunadamente, los perros que sufren de formas congénitas de la enfermedad o en quienes no se pudo identificar la causa, tienen un pronóstico muy malo ya que algunos pueden morir debido a complicaciones, como la neumonía por aspiración.