El pronóstico es reservado y la mayoría de gatos que sufren de este síndrome morirán o necesitarán una atención de por vida.
El veterinario primero tratará de garantizar una correcta alimentación e hidratación y para ello administrará líquidos intravenosos y sondas para la alimentación en caso de que el gato no pudiera cubrir estas necesidades por sí solo.
Otros tratamientos pueden ser requeridos para proteger el buen funcionamiento de otros órganos si el sistema nervioso autónomo no actuase como debería. Se pueden recetar medicamentos para estimular la motilidad gastrointestinal, gotas para la sequedad ocular o establecer ayudar como por ejemplo en la micción para evitar la retención urinaria. Si el veterinario detectara infecciones o neumonía se recetarán antibióticos.
Los gatos que sobreviven pueden tardar más de un año en recuperarse y no recuperar nunca en su totalidad el funcionamiento del sistema nervioso autónomo.