Los signos y síntomas de los trastornos de desarrollo sexual fenotípicos pueden incluir órganos reproductores externos que no coinciden con los cromosomas internos. Un perro que porta cromosomas masculinos, por ejemplo, puede parecer que tiene genitales externos femeninos, o un pene más pequeño que el normal. Algunos animales pueden poseer un órgano reproductivo normal, pero también tienen un segundo órgano reproductivo adicional, del género opuesto.
Los signos del trastorno sexual gonadales pueden ser un clítoris grande en las hembras o un testículo no descendido en los machos.